สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนมุ่งเน้นการผลิตบัณฑิตในระดับบัณฑิตศึกษาให้เป็นผู้นำการจัดการด้านสุขภาพแนวใหม่ที่มีความรู้ควบคู่คุณธรรม
โดยผ่านการจัดกระบวนการเรียนรู้ที่มุ่งสร้างการเปลี่ยนแปลงและพัฒนาระบบสุขภาพที่ยั่งยืน
โดยผ่านหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ได้แก่ หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต
สาขาวิชาสุขภาพและการพัฒนาที่ยั่งยืน (นานาชาติ) หลักสูตรการจัดการสาธารณสุขมูลฐานมหาบัณฑิต
(นานาชาติ) และหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิทยาการเสพติด
สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนมุ่งเน้นการสร้างองค์ความรู้เพื่อสร้่างและพัฒนาระบบสุขภาพให้สามารถตอบสนองต่อความจำเป็นด้านสุขภาพเพื่อมุ่งสู่การบรรลุเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนโดยใช้หลักการการสาธารณสุขมูลฐาน
โดยเน้นการพัฒนาด้านนโยบาย และด้านการจัดการ
ในระดับพื้นที่เพื่อให้เกิดการบริการปฐมภูมิที่สามารถบูรณาการกับการสาธารณสุขอย่างมีประสิทธิภาพโดยใช้แนวคิดประชาชนเป็นศูนย์กลาง
การมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน และการเสริมพลังอำนาจแก่ประชาชนและชุมชนในการดูแลตนเอง
รวมถึงการสร้างนวัตกรรมด้านการจัดการและการพัฒนาสุขภาพ
เพื่อตอบสนองต่อปัญหาท้าทายที่สำคัญทางด้านสุขภาพ เช่น
การเปลี่ยนแปลงของฐานประชากรที่เข้าสู่วัยสูงอายุอย่างรวดเร็ว
ปัญหาสุขภาพที่เกิดจากพฤติกรรมและวิถีชีวิตที่เปลี่ยนแปลงไป
ทั้งนี้เพื่อสนับสนุนให้ประเทศไทยเป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ด้านการจัดการระบบสุขภาพเพื่อมุ่งสู่การบรรลุเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนของภูมิภาค
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในอาเซียน
สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนเสริมสร้างศักยภาพและพัฒนาเครือข่ายของบุคลากรผู้นำด้านสุขภาพ
เพื่อสนับสนุนการพัฒนาสุขภาพเพื่อมุ่งสู่การบรรลุเป้าหมายการพัฒนาอย่างยั่งยืน
โดยนำแนวคิดและกลยุทธ์ของการสาธารณสุขมูลฐาน (Primary Health Care)
มาใช้แก้ไขปัญหาสาธารณสุขในชุมชน เพื่อให้ประชาชนมีสุขภาพดีและสามารถดูแลตนเองได้
และใช้บทเรียนความสำเร็จของประเทศไทย ในการเป็นแหล่งเรียนรู้ ศึกษาดูงาน
และแลกเปลี่ยนประสบการณ์ให้กับผู้บริหาร ผู้นำด้านการสาธารณสุข
และนักปฏิบัติการจากภูมิภาคทั้งในระดับประเทศและนานาชาติ
โดยครอบคลุมทั้งด้านนโยบายและด้านการจัดการพัฒนาสุขภาพ (Health Policy and Development)
โดยมีการเรียนรู้ประเด็นปัญหาสุขภาพโลก (Global Health) และสุขภาพระดับพื้นที่
โดยผ่านกระบวนการฝึกอบรม สัมมนา การจัดประชุมวิชาการระดับชาติและระดับนานาชาติ
และศึกษาดูงานพื้นที่ต้นแบบการพัฒนาสุขภาพอย่างยั่งยืน
สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน มีระบบการบริหารจัดการเพื่อสนับสนุนพันธกิจด้านการวิจัย การศึกษา
และการบริการวิชาการ รวมทั้งส่งเสริมและให้ความสำคัญด้านกายภาพและสิ่งแวดล้อม
เพื่อสร้างการทำงานภายใต้ความสุขของบุคลากร
ซึ่งส่งผลถึงการเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานและการสร้างความรักสามัคคี
ซึ่งเป็นหลักการของการพัฒนาที่ยั่งยืน