สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนเติบโตควบคู่มากับการพัฒนางานและการฝึกอบรมด้านสาธารณสุขมูลฐานในประเทศไทย ซึ่งเน้นการดูแลรักษาสุขภาพแบบองค์รวมที่คำนึงถึงสุขภาวะในทุกมิติทั้งร่างกาย จิตใจ สังคม และจิตวิญญาณ โดยเสริมสร้างการมีส่วนร่วมจากประชาชนในชุมชนและภาคส่วนต่างๆ ของสังคมในการจัดระบบดูแลสุขภาพและยังเกี่ยวข้องกับการพัฒนากลไกการให้บริการทางสุขภาพที่ประชาชนเข้าถึงได้ เพื่อให้ประชาชนมีสุขภาพดีอย่างทั่วถึงและเท่าเทียม นับว่างานสาธารณสุขมูลฐานเป็นรากฐานสำคัญของการพัฒนางานสาธารณสุขของประเทศ

พ.ศ. 2525 มหาวิทยาลัยมหิดล ร่วมกับกระทรวงสาธารณสุข และองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น ได้ลงนามเริ่มโครงการศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธารณสุขแห่งอาเซียน เพื่อส่งเสริมการพัฒนางานสาธารณสุขมูลฐานในประเทศไทยและกลุ่มประเทศอาเซียน

พ.ศ. 2529 สภามหาวิทยาลัยมหิดล ได้มีมติให้ปรับสถานภาพของศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธารณสุขมูลฐานแห่งอาเซียน เป็นสถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน รับผิดชอบภารกิจเทียบเท่าคณะของมหาวิทยาลัย

พ.ศ. 2529 สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียนได้ร่วมมือกรมวิเทศสหการ (สำนักงานความร่วมมือ เพื่อการพัฒนาระหว่างประเทศ กระทรวงการต่างประเทศ (TICA)) และองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น (JICA) ในการเปิดหลักสูตรการบริหารสาธารณสุขมูลฐานมหาบัณฑิต หรือ หลักสูตรการจัดการสาธารณสุขมูลฐานมหาบัณฑิต ในปัจจุบันนี้ เพื่อผลิตบัณฑิตนักบริหารที่มีประสิทธิภาพและเป็นผู้นำของประเทศในอนาคต

พ.ศ. 2531 คณะรัฐมนตรีมีมติให้ความเห็นชอบและอนุมัติให้ปรับสถานภาพจาก “ศูนย์” มาเป็น “สถาบัน”

พ.ศ. 2552 สภามหาวิทยาลัยมหิดล ได้ปรับเปลี่ยนชื่อ “สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน” เป็น “สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน” เป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยมหิดลตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย เพื่อให้สอดคล้องกับพันธกิจและยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมหิดล