จากการดำเนินงานของสถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน มหาวิทยาลัยมหิดลที่รับผิดชอบภารกิจเทียบเท่ากับคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัย ในการทำหน้าที่ส่งเสริม สนับสนุน และดำเนินงานวิจัย
ให้บริการการเรียนการสอน เป็นศูนย์การแลกเปลี่ยนเทคโนโลยี เผยแพร่ข้อมูลข่าวสารด้านสาธารณสุขมูลฐาน
ในกลุ่มประเทศอาเซียน และประเทศอื่นๆ ทั่วโลก ที่สนใจแลกเปลี่ยนความรู้ด้านการเรียนการสอนและการวิจัย
และความรู้ทางด้านสาธารณสุขมูลฐานอย่างกว้างขวาง เป็นผลดีแก่ประเทศสมาชิก
และกระชับสัมพันธไมตรีในกลุ่มประเทศอาเซียนให้แน่นแฟ้นยิ่งขึ้น จึงทำให้สถาบันฯ
ได้รับรางวัลจากองค์กรระหว่างประเทศที่มีชื่อเสียงของโลก ดังนี้
รางวัล “ศูนย์ของสหประชาชาติที่มีความเป็นเลิศในด้านการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์
และการฝึกอบรม”
จากคณะกรรมาธิการเศรษฐกิจและสังคมสำหรับเอเชียและแปซิฟิกแห่งสหประชาชาติ
ในปี พ.ศ. 2534 ( AIHD : UN center of Excellence for HRD Research and Training in
1991 )
รางวัล “สถาบันที่ดำเนินพันธกิจตามพันธสัญญาอย่างจริงจัง
ในการพัฒนางานทางด้านสาธารณสุขมูลฐาน”
จากองค์การอนามัยโลก ในปี พ.ศ. 2539 (PHC Award from WHO to the Institute
For having a strong commitment to PHC development in 1996) และรางวัล
“การนำเสนอผลงานทางด้านการพัฒนาสาธารณสุขฐาน” จากองค์การอนามัยโลก
สำนักงานประจำภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ในปี พ.ศ. 2541 (1998 the WHO
Southeast Asia
Regional Office honored AIHD by presenting it with a Primary Health Care
Development
Award)
รางวัล “ความร่วมมือระหว่างประเทศกับญี่ปุ่น”
จากองค์กรความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น ในปี พ.ศ. 2547 (JICA Award for International Cooperation For Japan in 2004)