สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนเติบโตควบคู่มากับการพัฒนางานและการฝึกอบรมด้านสาธารณสุขมูลฐานในประเทศไทย ซึ่งเน้นการดูแลรักษาสุขภาพแบบองค์รวมที่คำนึงถึงสุขภาวะในทุกมิติทั้งร่างกาย จิตใจ สังคม และจิตวิญญาณ โดยเสริมสร้างการมีส่วนร่วมจากประชาชนในชุมชนและภาคส่วนต่างๆ ของสังคมในการจัดระบบดูแลสุขภาพและยังเกี่ยวข้องกับการพัฒนากลไกการให้บริการทางสุขภาพที่ประชาชนเข้าถึงได้ เพื่อให้ประชาชนมีสุขภาพดีอย่างทั่วถึงและเท่าเทียม นับว่างานสาธารณสุขมูลฐานเป็นรากฐานสำคัญของการพัฒนางานสาธารณสุขของประเทศ
พ.ศ. 2525 มหาวิทยาลัยมหิดล ร่วมกับกระทรวงสาธารณสุข และองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น ได้ลงนามเริ่มโครงการศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธารณสุขแห่งอาเซียน เพื่อส่งเสริมการพัฒนางานสาธารณสุขมูลฐานในประเทศไทยและกลุ่มประเทศอาเซียน
พ.ศ. 2529 สภามหาวิทยาลัยมหิดล ได้มีมติให้ปรับสถานภาพของศูนย์ฝึกอบรมและพัฒนาการสาธารณสุขมูลฐานแห่งอาเซียน เป็นสถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน รับผิดชอบภารกิจเทียบเท่าคณะของมหาวิทยาลัย

พ.ศ. 2529 สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียนได้ร่วมมือกรมวิเทศสหการ (สำนักงานความร่วมมือ เพื่อการพัฒนาระหว่างประเทศ กระทรวงการต่างประเทศ (TICA)) และองค์การความร่วมมือระหว่างประเทศของญี่ปุ่น (JICA) ในการเปิดหลักสูตรการบริหารสาธารณสุขมูลฐานมหาบัณฑิต หรือ หลักสูตรการจัดการสาธารณสุขมูลฐานมหาบัณฑิต ในปัจจุบันนี้ เพื่อผลิตบัณฑิตนักบริหารที่มีประสิทธิภาพและเป็นผู้นำของประเทศในอนาคต
คณะรัฐมนตรีมีมติให้ความเห็นชอบและอนุมัติให้ปรับสถานภาพจาก “ศูนย์” มาเป็น “สถาบัน”
พ.ศ. 2552 สภามหาวิทยาลัยมหิดล ได้ปรับเปลี่ยนชื่อ “สถาบันพัฒนาการสาธารณสุขอาเซียน” เป็น “สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียน” เป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยมหิดลตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย เพื่อให้สอดคล้องกับพันธกิจและยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมหิดล
พ.ศ. 2531 เมื่อการประชุมครั้งที่ 531 วันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2561 สถาบันพัฒนาสุขภาพอาเซียนได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัยมหิดล ให้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างภายใต้ภารกิจใหม่ตามมติที่ประชุมผู้ทรงคุณวุฒิ เมื่อวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2561 อันได้แก่
1. Mahidol University Global Health Program
2. ASEAN University Network on Health Promotion

3. Prince Mahidol Award Conference Secretariat Office
4. Health Policy and Innovation Research Center
5. School of Health Policy Development and School of Global Health Study
ต่อมาปี พ.ศ. 2562 มหาวิทยาลัยมหิดลได้มอบหมายพันธกิจโดยให้สถาบัน พัฒนาสุขภาพอาเซียนเป็นสำนักงานเลขาธิการของ ASEAN University Network on Health Promotion (AUN-HPN), Mahidol University Global Health (MUGH) และ Mahidol University Active Ageing Hub (MUAH)

ศ.(พิเศษ) ดร. นายแพทย์กระแส ชนะวงศ์

2525 - 2532

รศ. แพทย์หญิงเยาวรัตน์ ปรปักษ์ขาม

2533 - 2537

ศ.(เกียรติคุณ) ดร.
นายแพทย์สมอาจ วงษ์ขมทอง

2537 - 2545

รศ. ดร.บุญยง เกี่ยวการค้า

2545 - 2547

ศ.(เกียรติคุณ)
แพทย์หญิงศิริกุล อิศรานุรักษ์

2547 - 2551

แพทย์หญิงสุพัตรา ศรีวนิชชากร

2552 - 2555

ศ. ดร.สุภา เพ่งพิศ

2556 - 2559

รศ. ดร. นายแพทย์ภูดิท เตชาติวัฒน์

2561 - 2565

รศ. ดร. ธันวดี สุขสาโรจน์

2567 - ปัจจุบัน